微生物肥料的种类很多，一般将微生物肥料制品分为两大类：一类是狭义的微生物肥料，指通过微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，包括提高土壤和生产环境中植物营养元素的供应总量，致使植物营养状况的改善，进而产量增加，这一类微生物肥料的代表品种是根瘤菌肥；另一类是广义的微生物肥料，指通过其中的微生物的生命活动，不但能提高植物营养元素的供应量，还能产生植物生长，促进植物对营养元素的吸收利用或有拮抗某些病原微生物的致病作用，减轻农作物病虫害而促进作物产量的增加。

按微生物种类可分为五大类：①细菌类肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解钾菌肥、光合菌肥)；②放线菌类肥料(如抗生菌肥)；③真菌类肥料(菌根真菌肥：包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂)；④藻类肥料(如固氮蓝藻菌肥)；⑤复合型微生物肥料，即肥料由两种以上微生物按一定比例组合形成。

按作用特性可分为两类：

1、微生物接种剂

利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭)，吸附发酵液而制成菌剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，一方面，肥料中的有益微生物通过其生命活动增加植物营养元素的供应，改善植物根际微生态环境；另一方面，有益微生物可通过非特拮抗作用，在作物根面、根际与病原微生物形成空间竞争，或降低病虫害的发生频率和危害程度，从而达到作物增产的目的。

2、复合微生物肥料

此类肥料属于复混肥的范畴其复混内容和形式比较多样，包括多种微生物的组合、有益微生物与不同添加剂的组合等，其中添加剂包括有机物(畜禽粪便、革炭、褐煤等)、无机物(化肥、微量元素)等多种添加剂的复合制品。

按其功能和肥效可分为以下几类：①增加土壤氮素和作物氮素营养的菌肥，如根瘤菌肥、固氮菌肥、固氮蓝藻肥等；②分解土壤有机质的菌肥，如有机磷细菌肥料、综合性菌肥；③分解土壤难溶性矿物质的菌肥，如磷细菌肥料、钾细菌菌肥、菌根真菌肥料；④刺激植物生长的菌肥，如促生菌肥；⑤增加作物根系抗逆能力的菌肥，如抗生菌肥料、抗逆菌类肥料。从微生物肥料发展的趋势来看，以复合微生物多功能、适应能力强的生物制剂配合有机肥料生产的有机复合肥，或开发多功能光合菌肥的市场前景更好。

主要有液剂、粉剂和颗粒三种剂型。

1、液体类

即将菌种投放到无菌罐中进行工业深层发酵而成，其中活菌的含量将直接影响到肥料的应用效果。

2、粉剂类

粉剂类是由液体微生物肥料和草炭土等载体混合均匀而产生的，它具有运输方便、含菌量高、增产效果明显的特点。

3、颗粒类

颗粒类是液体微生物肥料经过造粒设备进行喷雾、造粒、低温烘干而产生的，具有运输方便、施用简便、保质期长的优点。